Seltuftstølen ligg i lia ovanfor Seltuftvatnet og høyrer til gardane Fretheim og Geisme i Flåm. Han vart teken opp som støl i 1740-åra. Før den tid hadde Fretheims- og Geisme-folka støl i Fretheimsdalen, nokre kilometer lenger inne i dalføret som strekkjer seg mot nord, men stølshusa vart tekne av snøskred, så dei laut flytta.
I rettsdokument frå slutten av 1700-tal er det sagt at då dei tok den nye stølen i bruk, såg dei spor etter hustufter der. Dei meinte det måtte vera restar av gamle stølshus – sel. Ingen visste kva tid han hadde vore i bruk eller kven som hadde eigt han. Men nyestølen fekk namnet Seltuft.
I dalføret innover mot Fretheimsdalen ligg det fleire stader gamle tufter. Arkeologiske granskingar har synt at dei er frå mellomalderen, frå 1100-, 1200- og 1300-talet. Dei kan ha kome til nedfalls etter Svartedauden i 1350.
Seltuftstølen var i drift fram til midten av 1960-åra som kyre- og geitestøl. Stølshusa har i seinare år vorte brukte som hytter.